Την εγκληματική μανία των ναζί γνώρισε στις 3 Ιουνίου 1941 η όμορφη Κάντανος, σαν αντίποινα για την συνεχή συμμετοχή της στην αντίσταση.
Ήδη από την Μάχη της Κρήτης, αλλά και στη συνέχεια με τη μάχη στο φαράγγι της περιοχής στις 24 Μαΐου του 1941, όπου βρήκαν το θάνατο 25 Γερμανοί και η πολεμική τους σημαία έπεσε στα χέρια των ανταρτών, η Κάνδανος μπήκε στο στόχαστρο των κατακτητών.
Αρχικά η Κάντανος βομβαρδίστηκε στις 2 Ιουνίου 1941 και την επόμενη ημέρα στις 3 Ιουνίου 1941, μπήκαν στο χωριό και χερσαίες δυνάμεις της Βέρμαχτ. Η εντολή ήταν να ισοπεδωθεί η Κάντανος και πυρπολήθηκε, ενώ επέζησαν όσοι πρόλαβαν και κρύφτηκαν στα βουνά. Όσοι εγκλωβίστηκαν στα σπίτια βρήκαν τραγικό θάνατο από τις φλόγες της πυρπόλησης του χωριού.
Επιχειρώντας να τρομοκρατήσουν τους Έλληνες, οι ναζί τοποθέτησαν επιγραφές στο χωριό, που έγραφαν: «Διά την κτηνώδη δολοφονία Γερμανών αλεξιπτωτιστών, αλπινιστών και του μηχανικού από άνδρες, γυναίκες, παιδιά και παπάδες μαζί και διότι ετόλμησαν να αντισταθούν κατά του μεγάλου Ράιχ κατεστράφη την 3/6/41 η Κάντανος εκ θεμελίων διά να μην επανοικοδομηθεί πλέον ΠOTE» και «Ως αντίποινον των οπλισμένων πολιτών ανδρών και γυναικών εκ των όπισθεν δολοφονηθέντων Γερμανών στρατιωτών κατεστράφη η Κάντανος». Το 1943 τοποθέτησαν και τρίτη μαρμάρινη στήλη στην οποία είχαν γράψει: «Εδώ υπήρχε η Κάντανος, κατεστράφη προς εξιλασμόν της δολοφονίας 25 Γερμανών Στρατιωτικών».
Η Κάντανος αποτελεί κλασσικό παράδειγμα για το μεγάλο θέμα της διεκδίκησης των γερμανικών αποζημιώσεων. Αξίζει να σημειωθεί ότι οι επικεφαλής των ναζί αντί να αντιμετωπίσουν διώξεις σαν εγκληματίες πολέμου, ο μεν πτέραρχος Κουρτ Στουντέντ, διοικητής των Γερμανών αλεξιπτωτιστών έγινε σύμβουλος των μεταπολεμικών γερμανικών κυβερνήσεων και ο Γερμανός διοικητής της Κρήτης, στρατηγός Αντρέ, αμνηστεύτηκε από το βασιλιά Παύλο, μετά από πολλές γερμανικές πιέσεις και ακολούθως έγινε ηγέτης ακροδεξιού σχηματισμού στην πατρίδα του.
Η Κάντανος σήμερα ανήκει διοικητικά στο Δήμο Καντάνου – Σελίνου.
