Ήταν 17 Οκτωβρίου 1941 και οι άνδρες από εφήβους έως ηλικιωμένους, έπεφταν νεκροί από τις σφαίρες των ναζί στα Άνω και Κάτω Κερδύλια του Δήμου Αμφίπολης, κοντά στις Σέρρες.
Τα σπίτια πυρπολήθηκαν και ήταν στα πλαίσια αντιποίνων για τη δράση ανταρτών στην περιοχή.
Αν και ως προς τον αριθμό των θυμάτων εμφανίζονται μικρές αποκλίσεις, το Ελληνικό Εθνικό Γραφείο Εγκλημάτων Πολέμου αναφέρεται ότι οι νεκροί ήταν 222, ενώ αργότερα η λίστα έφτασε τους 230, καθώς προστέθηκαν και θύματα που ήταν ετεροδημότες και είχαν χάσει τη ζωή τους στα γεγονότα.
Παρά τις ανακρίσεις που προηγήθηκαν, οι Γερμανοί δεν μπόρεσαν να συγκεντρώσουν επαρκείς αποδείξεις για τη στήριξη του τοπικού πληθυσμού, προς τις ανταρτικές δυνάμεις.
Αργότερα σημειώθηκε ένα περιστατικό όπου εντοπίστηκε χωρικός που είχε έρθει σε επαφή με αντάρτες και κατά την ανάκρισή του έδωσε ονόματα ανταρτών και συνεργατών τους από τα Κερδύλια.
Στην επιδρομή όσοι δεν εκτελέστηκαν, βάσει του σχεδίου των Γερμανών, τους ανατέθηκε η ταφή των νεκρών.
Στις 2 Νοεμβρίου η γερμανική διοίκηση της Θεσσαλονίκης, ανακοίνωσε τα ακόλουθα: «Εις τα βουνά δυτικώς του Στρυμόνος δρα από εβδομάδων μία κομμουνιστική συμμορία απαρτιζόμενη από κατοίκους των πέριξ χωρίων και επιδιδόμενη εις την ληστείαν των πλουσίων χωρικών της περιοχής όπως προσποριστεί χρηματικά μέσα, τη σύλληψιν Ελλήνων αστυνομικών προς αφαίρεση των όπλων των και δι’ αυτών τον φόνον Γερμανών στρατιωτών.
Περί τα τέλη Σεπτεμβρίου εδολοφονήθησαν εις θέσιν Λαχανά 2 Γερμανοί στρατιώται και προ ημερών εγένετο απόπειρα εναντίον του γερμανικού στρατού, με αποτέλεσμα το φόνο δύο Γερμανών ναυτών και τον βαρύ τραυματισμόν ενός άλλου εις Καλόκαστρον. Εν συνεχεία διά των παρά του γερμανικού στρατού ληφθέντων μέτρων κατεστράφησαν παρ’ αυτού τα χωριά Ανω και Κάτω Κερδύλλια, οι κάτοικοι των οποίων αποδεδειγμένως ανήκον εις την εν λόγω συμμορία τροφοδοτούντες και υποστηρίζοντες ταύτην παντοιοτρόπως».
Την ευθύνη για το έγκλημα είχαν δύο λόχοι του 220ου Τάγματος Σκαπανέων της Βέρμαχτ με δύναμη 250 ανδρών και επικεφαλής τους ήταν Βέντλερ (Wendler) και Σράινερ Σράινερ.
Στα δύσκολα μετεμφυλιακά χρόνια σε δίκες για τα γεγονότα αυτά, διατυπώθηκαν από πρόσωπα που είχαν συνεργαστεί ανοιχτά με τους Γερμανούς, κατηγορίες που έριχναν τις ευθύνες για το Ολοκαύτωμα στη δράση κομμουνιστών ανταρτών. Αντίστοιχες απόπειρες είχαν καταγραφεί και σε άλλες περιπτώσεις, όπως πχ στο Ολοκαύτωμα στο Χορτιάτη.
Το ολοκαύτωμα των Κερδυλίων θεωρείται η πρώτη ομαδική εκτέλεση αμάχων από τα στρατεύματα κατοχής στην Βόρεια Ελλάδα κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο και η κοινότητα Νέων Κερδυλίων χαρακτηρίστηκε ως μαρτυρική με το Προεδρικό Διάταγμα 393/7-12-1998.
Το νέο χωριό (τα Άνω και Κάτω Κερδύλια που πυρπολήθηκαν δεν ξανακατοικήθηκαν) χτίστηκε το 1950 με την αρωγή της πολιτείας, που έχτισε σπίτια για το μέλη των οικογενειών των θυμάτων.